FMI sorgen für einen reibungslosen Ablauf auf den Finanzmärkten. Zentrale Gegenparteien (Central Counter Party, CCP) erleichtern die Verarbeitung von Handelstransaktionen und senken das Gegenparteirisiko für die Teilnehmer. Zentralverwahrer (Central Security Depositories, CSD) verwahren und verwalten Wertpapiere und ermöglichen so deren Eigentumsübertragung, ohne dass diese physisch bewegt werden müssen. Ihr Ausfall kann somit zu Verlusten, Liquiditätsengpässen und technischen Störungen an den Finanzmärkten führen.
Die Schweizerische Nationalbank (SNB) ist für die Bezeichnung von FMIs als systemisch bedeutsam verantwortlich. Sie stellt auch deren systemisch bedeutsamen Geschäftsprozesse fest. Dabei hört sie die FINMA an. In der Schweiz gelten derzeit die zentrale Gegenpartei SIX x-clear, und die Zentralverwahrerin SIX SIS und das Zahlungssystem SIX Interbank Clearing als systemisch bedeutsam.
Das SIX Interbank Clearing wird durch die SIX Group im Auftrag der SNB betrieben und fällt in deren alleinige Zuständigkeit. SIX x-clear und SIX SIS werden durch die FINMA überwacht. Beide Unternehmen sind verpflichtet einen Stabilisierungsplan (Recovery-Plan) zu erarbeiten, der darlegt, mit welchen Massnahmen sie sich im Fall einer Krise nachhaltig stabilisieren können.
Scheitert die Stabilisierung, muss eine FMI abgewickelt werden können, um den ungeordneten Ausfall zu vermeiden. Dazu erarbeitet die FINMA einen Abwicklungsplan (Resolution-Plan). Darin zeigt sie auf, wie eine von ihr angeordnete Sanierung oder Liquidation durchgeführt werden kann. Die grösste Priorität des Abwicklungsplans für FMI ist, dass deren Funktionen so lange aufrechterhalten werden, bis die Finanzmarktteilnehmenden Alternativen für ihre Transaktionen gefunden haben.