Die FINMA verfügt über eine weitgehende Organisationsautonomie und Flexibilität. Das Finanzmarktaufsichtsgesetz definiert die Organe der Aufsichtsbehörde (Verwaltungsrat, Geschäftsleitung und Revisionsstelle) und grob deren zentrale Kompetenzen.
Dieses Gesetz verlangt jedoch explizit nach einer Regelung der Einzelheiten in einem Organisationsreglement der Aufsichtsbehörde.
Im Organisationsreglement ist die Aufteilung der Kompetenzen zwischen dem Verwaltungsrat und der Geschäftsleitung geregelt. Damit sollen die Zuständigkeiten zwischen der strategischen und der operativen Ebene geklärt und die Voraussetzungen für die richtigen Kontrollmechanismen geschaffen werden.
Der Verwaltungsrat als strategisches Organ der FINMA übt die Oberleitung sowie die Aufsicht und Kontrolle über die Geschäftsführung der FINMA aus. Im Organisationsreglement sind Kompetenzen und Pflichten des Verwaltungsrats ebenso wie dessen Organisation (Sitzungen, Ausschüsse, Beschlussfähigkeit) beschrieben. Geregelt ist auch, wie der Verwaltungsrat mit Interessenkonflikten seiner eigenen Mitglieder umgeht (Offenlegung, Ausstandspflichten).
Mit der internen Revision und anderen kontrollierenden Funktionen wie dem internen Risikomanagement (Enterprise Risk Management und Internes Kontrollsystem) überprüft der Verwaltungsrat die Einhaltung des Organisationsreglements, kann Missstände aufdecken und deren Beseitigung anordnen.
Das Organisationsreglement definiert auch Stellung, Funktion und Zusammensetzung der Geschäftsleitung sowie die Aufteilung der FINMA in Geschäftsbereiche. Das Geschäftsreglement ordnet detaillierter diese Organisation bis auf die nachgelagerten Bereiche der Geschäftsleitung.