Zusammen mit den Compliance-Funktionen ist das interne Kontrollsystem (IKS) nach dem Linienmanagement, das an erster Stelle und präventiv die Risiken im eigenen Bereich steuert, die zweite Verteidigungslinie (Second Line of Defence) zur Sicherung einer einwandfreien Geschäftstätigkeit.
Das interne Kontrollsystem überwacht die behördeninternen Vorgänge, Methoden, Instrumente und Massnahmen, die vom Verwaltungsrat, von der Geschäftsleitung und anderen Führungsverantwortlichen angeordnet werden, um das finanzielle Fundament der Behörde zu schützen und einen ordnungsgemässen Betriebsablauf sicherzustellen. Aufgabe des internen Kontrollsystems ist es zudem, rasch auf Risikosituationen zu reagieren und entsprechende Massnahmen zu ergreifen.
Getragen wird das interne Kontrollsystem der FINMA von der Fachstelle für interne Kontrollen. Diese soll sicherstellen, dass
die Transparenz in der FINMA-Prozessorganisation erhöht, die Prozesse laufend optimiert und die Kontrollaktivitäten in den Arbeitsabläufen verbessert werden;
die operationellen Risiken erkannt und rechtzeitig angegangen werden.
Das interne Kontrollsystem der FINMA wird nach professionellen Standards geführt. Unter anderem stellt die IKS-Fachstelle sicher, dass Schwächen erkannt, Massnahmen erarbeitet werden und danach deren Umsetzung auch kontrolliert wird. Das Team arbeitet eng mit der dritten Verteidigungslinie, der internen Revision und für finanzielle Aspekte mit der Eidgenössischen Finanzkontrolle als Revisionsstelle der FINMA zusammen.