Die FINMA hat die Kompetenz, die Regelwerke eines Handelsplatzes auf ihre Übereinstimmung mit den aufsichtsrechtlichen Vorgaben zu kontrollieren. Der FINMA sind dementsprechend alle Reglemente und deren Änderungen zur Genehmigung zu unterbreiten. Weitere Elemente der Aufsicht sind
Überwachungsorganisationen als besondere Funktionseinheiten der Handelsplatzbetreiber üben die primäre Marktaufsicht aus. Zusammen mit ihnen untersucht die FINMA Hinweise auf Formen von Marktmissbrauch wie Insiderhandel und Marktmanipulation. Erhärtet sich ein Verdacht, kann dies zu einem Enforcementverfahren der FINMA und unter Umständen auch zu einem Verfahren der zuständigen Strafverfolgungsbehörde führen.
Typischerweise fehlt organisierten Handelssystemen (OHS) eines der drei Kernelemente von Handelsplätzen, nämlich multilateraler Handel, nicht-diskretionärer Vertragsabschluss oder der Handel in als Effekten qualifizierenden Finanzinstrumenten.
OHS gelten, anders als Handelsplätze, nicht als Finanzmarktinfrastrukturen. Die FINMA beaufsichtigt deshalb die OHS über deren Betreiber. Dies können Banken, Effektenhändler oder Handelsplätze sein.