Die FINMA kommt ihren Aufgaben mit drei Geschäftsbereichen nach, die für die Überwachung zuständig sind. Die klassischen Querschnittsfunktionen werden in fünf weiteren Geschäftsbereichen zusammengefasst.
Bewilligung und Überwachung von Banken und Wertpapierhäusern liegen in der Verantwortung des Geschäftsbereichs Banken. Die gleichen Aufgaben für die verschiedenen Versicherungssparten übernimmt der Geschäftsbereich Versicherungen. Der Geschäftsbereich Asset Management und Märkte ist für die Aufsicht über Institute und Produkte im Bereich der individuellen und institutionellen Vermögensverwaltung und der Finanzmarktinfrastrukturen zuständig, ebenso für die Anerkennung von bzw. die Aufsicht über Selbstregulierungsorganisationen (SRO) und Aufsichtsorganisationen (AO).
Der Geschäftsbereich Integrierte Risikoexpertise stellt den Aufsichtsbereichen Expertise zur datenbasierten Aufsicht, zur Analyse finanzieller und nichtfinanzieller Risiken sowie zur operationellen Resilienz der Beaufsichtigten zur Verfügung. Er verantwortet ausserdem die Planung, Durchführung und Qualitätssicherung der Vor-Ort-Kontrollen der FINMA. Für die Durchsetzung des Aufsichtsrechts in allen Bereichen und für die Marktaufsicht ist der Geschäftsbereich Enforcement zuständig.
Der Geschäftsbereich Supervisory Policy und Legal Expertise ist verantwortlich für die internationale Zusammenarbeit, die FINMA-relevante Regulierung, den Behördenrechtsdienst und die Compliance. Der Geschäftsbereich Recovery und Resolution ist für Massnahmen zur Stabilisierung von Beaufsichtigten Unternehmen im Krisenfall, für deren Notfall- und Abwicklungsplanung und für allfällige Sanierungs-, Liquidations- und Insolvenzverfahren zuständig. Der Geschäftsbereich Operations stellt den FINMA-Mitarbeitenden die notwendigen Arbeitsinstrumente zur Verfügung und nimmt interne Dienstleistungs- und Kontrollfunktionen wahr.