Grundsätzlich obliegt die Aufsicht über die Finanzmarktinfrastrukturen der FINMA. Das Finanzmarktinfrastrukturgesetz (FinfraG) sieht jedoch vor, dass systemisch bedeutsame Finanzmarktinfrastrukturen zudem der Überwachung durch die Schweizerische Nationalbank (SNB) unterliegen. Um Überschneidungen in der Aufsichtspraxis zu vermeiden, haben die FINMA und die SNB die Zuständigkeiten geregelt. Einerseits tauschen sich die beiden Behörden untereinander aus, andererseits müssen sowohl der SNB wie auch der FINMA wesentliche Dokumente der Prüfgesellschaft (Risikoanalyse, Prüfstrategie und Berichterstattung) gleichzeitig zugestellt werden. So verfügen beide Behörden über gleichwertige Informationen für eine angemessene Aufsicht und Überwachung.
Bei Beaufsichtigten der FINMA-Aufsichtskategorien 3 bis 5 gelangt eine Standardprüfstrategie zur Anwendung. Dabei gibt das Nettorisiko in den Prüffeldern vor, welche Prüfperiodizität und welche Prüftiefe zu beachten sind. Bei Beaufsichtigten der FINMA-Aufsichtskategorien 1 und 2 hingegen nimmt die FINMA stärker Einfluss auf die abzudeckenden Prüffelder, indem die Prüfstrategie im Dialog mit der Prüfgesellschaft definiert wird. Für systemisch bedeutsame Finanzmarktinfrastrukturen erfolgte die Erarbeitung von Risikoanalyse und Prüfstrategie in Absprache zwischen der FINMA und der SNB.
Im standardisierten Bericht zur aufsichtsrechtlichen Prüfung für Finanzmarktinfrastrukturen teilen die Prüfgesellschaften die Feststellungen ihrer Prüfungen der FINMA und, bei systemisch bedeutsamen Finanzmarktinfrastrukturen, ebenfalls der SNB mit. Der Bericht enthält einerseits Angaben zum Ablauf der Prüfung, eine Unabhängigkeitserklärung der Prüfgesellschaft sowie weitere Informationen zur Entwicklung der Geschäftstätigkeit und Organisation des betroffenen Instituts. Andererseits finden sich im Bericht Stellungnahmen der Prüfgesellschaft zu allen festgestellten Unregelmässigkeiten oder zu den Verbesserungsempfehlungen.
Unter besonderen Umständen kann die FINMA einen Prüfbeauftragte oder einen Prüfbeauftragten einsetzen. Dafür kommen zugelassene Prüfgesellschaften oder unabhängige Dritte in Frage, die über entsprechende Erfahrung und Fachkenntnisse verfügen.
Die Meldung betreffend die Wahl einer Prüfgesellschaft erfolgt über die FINMA Erhebungs- und Gesuchplattform (EHP). Sollte ihr Institut über keinen Zugang zur EHP verfügen, kann das untenstehende Formular verwendet werden.